L'étrange peau qui révélerait une nouvelle espèce de chat en Colombie

PAR ANTONIO JOSÉ PAZ CARDONA LE 27 JUILLET 2023

• Pendant plus de deux décennies, le généticien Manuel Ruiz-García a étudié une peau étrange restée entreposée dans l'une des collections de l'Institut Humboldt en Colombie. Des études moléculaires exhaustives l'ont amené à indiquer qu'il pourrait s'agir d'une nouvelle espèce, qu'il a appelée le chat de  Nariño (Leopardus narinensis).
• La peau a été retrouvée en 1989 dans les páramos du volcan Galeras, dans le département de Nariño. Le nouveau chat serait une espèce sœur du chat des pampas (Leopardus colocolo) et serait apparenté à la guiña (Leopardus guigna) et au chat de Geoffroy (Leopardus geoffroyi), deux espèces qui habitent le sud de l'Amérique du Sud.

Les pays d'Amérique latine tentent de rattraper leur retard sur leur grande biodiversité. Bien que de plus en plus d'espèces soient décrites dans des groupes tels que les amphibiens, les reptiles et les insectes, la découverte d'un nouvel animal n'est pas quelque chose que les scientifiques réalisent du jour au lendemain. Dans des groupes comme les mammifères, révéler à la science qu'il existe une nouvelle espèce est littéralement un exploit. C'est donc avec une grande surprise qu'en juin de cette année, la revue scientifique Genes a publié un article contenant des preuves morphologiques et génétiques sur une espèce de félin en Colombie qui n'avait pas été décrite : le chat de Nariño ( Leopardus narinensis ).

Le biologiste Manuel Ruiz-García, du Laboratoire de génétique moléculaire des populations-biologie évolutive de la Pontificia Universidad Javeriana en Colombie, a mis plus de 20 ans à publier cette découverte, car il n'avait qu'une peau étrange qu'il a trouvée dans une collection de l' Institut d'investigation des ressources biologiques Alexander von Humboldt , dans la ville de Villa de Leyva, Boyacá. Il n'y avait pas d'images et pas même un spécimen vivant ou mort à analyser. C'est pourquoi il n'y a toujours pas de certitude si le chat de Nariño est une espèce vivante, avec une aire de répartition très restreinte, de petites populations et très difficile à voir, ou s'il s'agit d'un félin qui a déjà disparu .

Ruiz-García a dû déchiffrer l'énigme du chat de Nariño avec très peu d'indices. Il savait seulement qu'il y avait une peau qui, pour lui, ne correspondait à aucun petit félin qui habitait la Colombie ; que la peau a été recueillie dans le páramo du volcan Galeras, dans le département de Nariño ; qu'elle avait été donnée en 1989 à l'ancien Institut National des Ressources Naturelles Renouvelables et de l'Environnement (Inderena), et que lorsque cette entité a disparu, l'Institut Humboldt l'a accueillie dans ses collections biologiques, en la regroupant avec des échantillons d'oncille (Leopardus tigrinus ) .

« Idéalement, nous pourrions trouver, soit dans la nature, soit dans une collection de musée, du matériel qui, une fois analysé moléculairement, montre une correspondance avec ce spécimen. Ce serait la confirmation que, éteinte ou non, il existe une lignée qui a évolué séparément des oncilles et qui est plus liée aux autres félins du genre Leopardus [dans le sud du continent] qu'aux oncilles eux-mêmes », dit Ruiz-Garcia.

Il a fallu plus de 20 ans pour que le chat Nariño soit proposé comme une possible nouvelle espèce découverte en Colombie. Photo : Manuel Ruiz Garcia.

Plus de 20 ans pour arriver au chat de Nariño

L'histoire du chat de Nariño a commencé en 2001 lorsque l'un des étudiants de Ruiz-García s'est intéressé au travail avec les pumas et les jaguars, et ils ont décidé de prendre rendez-vous pour visiter les collections de mammifères de l'Institut Humboldt de Villa de Leyva, où ils sont venus observer et analyser les crânes et les peaux de ces animaux.

La curiosité scientifique les a amenés à s'arrêter non seulement aux grands échantillons de pumas et de jaguars, mais aussi aux tiroirs qui contenaient des échantillons de chats plus petits. C'est ainsi qu'ils arrivèrent à la section des oncilles qui, contrairement aux félins, n'avaient qu'environ huit peaux et six crânes.

Ruiz-García, un scientifique espagnol qui vit en Colombie depuis plus de 25 ans, a consacré une grande partie de son travail aux primates et aux chats, il a donc rapidement identifié qu'une des peaux ne correspondait pas à ce qu'il avait vu sur les margays. .

"C'était une peau qui, de par sa coloration, le dessin des rosettes des taches et le fait qu'elle avait une sorte de capuchon sombre sur le dessus de la tête, qui s'étendait sur une bonne partie du dos, ne correspondent à ce que j'avais l'habitude de voir chez les ocelots », raconte le chercheur.

Manuel Ruiz-García avec la peau du chat de Nariño. Photo : Manuel Ruiz Garcia.

À cette époque, Manuel Ruiz-García avait déjà parcouru plusieurs pays d'Amérique latine et connaissait bien les collections de chats qui habitent le Pérou et la Bolivie. La peau qu'il a trouvée dans le Humboldt avait quelques similitudes avec celles du chat des pampas ( Leopardus colocolo ) qu'il avait vu dans ces pays. Cependant, à cette époque, l'Équateur était la limite nord de la distribution de cette espèce et il n'y avait aucune trace du chat des pampas en Colombie. Aujourd'hui, on signale déjà ce petit chat à Nariño, dans le sud du pays.

Cependant, le chercheur n'a pas pu adapter complètement cette peau étrange à celle du chat des pampas. L'intrigue et l'incertitude ont continué à être les protagonistes, il a donc décidé de prendre plusieurs photos de la peau et de les envoyer à la chercheuse Rosa García Perea, de l'Institut des sciences naturelles de Madrid, car la scientifique avait réalisé l'un des échantillons les plus complets sur des crânes et des peaux de chats des pampas dans toute leur répartition géographique en Amérique du Sud dans les années 1990.

La réponse de García n'a fait qu'éveiller plus de curiosité : « Les photographies que vous m'envoyez ne correspondent pas à un chat des pampas ce doit être un de ces rares oncilles qui apparaissent de temps en temps », lui a t'elle dit-il.

Si ce n'était pas un chat des pampas, de quelle espèce pourrait-il s'agir ?

Ruiz-García a commencé à faire des analyses moléculaires en laboratoire et ces premiers résultats lui ont montré que c'était un animal qui ne correspondait pas très bien aux résultats qu'ils avaient pour d'autres espèces du genre Leopardus qui vivaient en Colombie, comme le margay ( Leopardus wiedii ) , l'ocelot ( Leopardus pardalis ) ou le tigrillo (oncille). Le chercheur, à l'époque, a également exclu des espèces telles que la guiña/kodkod ( Leopardus guigna ), puisque son aire de répartition nord se trouvait au Chili.

Guigna ( Leopardus guigna ) l'un des plus proches parents du chat de Nariño ( Leopardus narinensis ). Photo : Jerry Laker.

En 2007, Ruiz-García a envoyé un échantillon de peau d'ADN à un scientifique au Canada qui faisait sa thèse de doctorat sur un chat des pampas. L'avis était désormais définitif : génétiquement la peau ne correspondait pas à cette espèce.

Les années ont passé, et bien que Ruiz-García ait poursuivi ses recherches génétiques avec d'autres chats et primates, le désir de découvrir le porteur de la peau rare a continué à tourner dans son esprit.

Vers 2012, Myreya Pinedo, doctorante à l'Université Javeriana, travaillait sur des études avec l'ADN mitochondrial - des séquences génétiques dans les mitochondries qui ne sont héritées que par la mère et servent à distinguer les espèces avec plus de précision - avec différentes espèces de chats et a aidé Ruiz -García pour compléter le séquençage de l'ADN mitochondrial de la peau.

"Déjà avec l'ADN mitochondrial complet de ce spécimen, plus ceux que nous avons obtenus des autres espèces du genre Leopardus , nous avons fait les analyses mathématiques et les arbres phylogénétiques, constatant que ce spécimen n'est pas regroupé avec les ocelots, mais est plutôt regroupé avec plusieurs espèces de félins du genre Leopardus typiques du sud du continent, comme le chat de Geoffroy ( Leopardus geoffroyi ) et la guiña. Moléculairement, il représente une lignée qui n'est pas directement liée à l'oncille traditionnel, mais plus étroitement liée à d'autres espèces que l'on trouve à plus de 4 000 kilomètres du sud de la Colombie », commente Ruiz-García.

Comment expliquer qu'un parent d'une espèce qui n'a pas de trace en Colombie ait atteint les páramos du volcan Galeras, dans le département de Nariño ?

La peau du chat Nariño est restée dans une collection de l'Institut Humboldt et on pensait qu'elle provenait d'un margay. Photo : Manuel Ruiz Garcia.

Une histoire évolutive complexe

« Le gène mtND5 suggère que cette nouvelle lignée (le chat de Nariño comme nous l'appelons) est un taxon frère de Leopardus colocolo . Des analyses microsatellites de l'ADN mitogénomique et nucléaire suggèrent que cette nouvelle lignée est le taxon frère d'un clade composé des espèces d'Amérique centrale et des Andes Leopardus tigrinus + ( Leopardus geoffroyi + Leopardus guigna ). La séparation temporelle entre l'ancêtre de cette nouvelle espèce possible et l'ancêtre le plus récent au sein du genre Leopardus date d'il y a 1,2 à 1,9 millions d'années. Nous considérons cette nouvelle lignée unique comme une nouvelle espèce, et nous proposons le nom scientifique Leopardus narinensis », lit-on dans l'article scientifique.

Pour Ruiz García, à la fois le moment où le chat de Nariño s'est séparé de l'ancêtre commun qu'il a avec la guiña et le chat de Geoffroy, ainsi que le volcan Galeras - la zone où la peau du spécimen qui reposait dans les collections de l'Institut Humboldt - jouent un rôle très important pour comprendre comment un chat apparenté à des espèces du sud du continent a été trouvé dans le nord de l'Amérique du Sud.

Les analyses moléculaires montrent que le chat de Nariño est apparenté à la guiña et au chat de Geoffroy. Photo : Manuel Ruiz Garcia.

Comme il le commente, il y a plus d'un million d'années, des glaciations très intenses se sont produites dans la cordillère des Andes et la zone du volcan Galeras a été fortement touchée. « Si les forêts existaient auparavant, à mesure que le climat devenait plus sec et plus intense, beaucoup sont devenues des zones de steppes et de landes, et celles qui sont restées sont devenues des parcelles de forêt déconnectées. Ces forêts restantes pourraient être isolées et devenir des noyaux de spéciation (d'endémisme), en étant physiquement déconnectées des autres forêts qui contenaient des organismes similaires ».

C'est dans ce scénario que l'ancêtre du chat de Nariño aurait été isolé et aurait  divergé d'autres formes de félins similaires au chat de Geoffroy et à la guiña, qui vivaient probablement plus au nord des Andes il y a de nombreuses années.

"Si la génétique moléculaire n'avait pas été développée, nous pourrions seulement dire qu'il s'agit d'une peau de la taille d'un margay et qu'elle a des caractéristiques particulières, mais nous ne pourrions pas approfondir l'histoire évolutive de la peau", explique Ruiz-Garcia. .

Guigna ( Leopardus guigna ) l'un des plus proches parents du chat Nariño ( Leopardus narinensis ). Photo : Eduardo Silva Rodríguez.

José Fernando González Maya, directeur scientifique de l'ONG Proyecto de Conservación de Aguas y Tierras ( (ProCAT) et coprésident du Groupe de spécialistes de l'UICN sur les petits carnivores, assure que l'étude réalisée avec la peau étrange apporte de nouvelles connaissances pour mieux comprendre la taxonomie et a impliqué un énorme effort scientifique, mais il reconnaît qu'il y a encore des doutes autour du chat de Nariño et qu'il peut être reconnu comme une nouvelle espèce.

De son côté, Ruiz-García indique qu'à partir de la génétique, sa spécialité, l'objectif principal était d'observer comment les différentes lignées d'organismes ont évolué. "Bien que nous enregistrions maintenant cette lignée en tant que nouvelle espèce, il est également possible qu'elle se soit déjà éteinte dans la nature et que, par conséquent, il n'y ait aucune raison pour qu'elle apparaisse sur les listes d'espèces vivantes en Colombie. Ce qui est clair, c'est que l'évolution de l'oncille est beaucoup plus complexe que ce qui a généralement été soutenu ».

RÉFÉRENCE

Ruiz-García, M., Pinedo-Castro, M., & Shostell, JM (2023). Soutien morphologique et génétique pour une espèce de chat tacheté jusqu'ici non décrite (genre Leopardus; Felidae, Carnivora) des Andes du sud de la Colombie. Gènes, 14(6), 1266.

*Image principale : Guigna (Leopardus guigna) l'un des plus proches parents du chat de Nariño (Leopardus narinensis). Photo : Eduardo Silva Rodríguez.

traduction caro d'un article paru sur Mongabay latam le 27/07/2023

La extraña piel que revelaría una nueva especie de félido en Colombia

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