Chili : La grippe aviaire touche principalement les cygnes à cou noir et d'autres oiseaux d'eau douce

Ana Cristina Alvarado

12 mai 2026

• Depuis mars 2026, le Chili est confronté à une épidémie de grippe aviaire hautement pathogène qui a tué plus de 700 000 oiseaux domestiques et au moins 739 oiseaux sauvages.
• Des foyers ont été détectés dans neuf régions, entre Valparaíso et Aysén, avec un seul foyer chez les oiseaux domestiques à Magallanes, dans le sud du pays.
• Huit espèces d'oiseaux sauvages sont touchées : le cygne à cou noir, espèce menacée dans la région, est l'une des espèces les plus touchées, avec 128 décès.
• La souche actuellement en circulation se comporte différemment de celle de 2023 et, bien qu'elle soit moins mortelle, elle se propage rapidement.

Depuis mars 2016, le Chili est confronté à une nouvelle épidémie de grippe aviaire hautement pathogène due au virus H5N1. Neuf régions sont touchées, notamment dans le centre du pays. Plus de 700 000 volailles domestiques et au moins 739 oiseaux sauvages appartenant à huit espèces ont péri des suites de cette maladie agressive et contagieuse, selon les informations officielles . Les spécialistes s’inquiètent particulièrement de l’impact sur le coscoroba blanc ( Coscoroba coscoroba ) et le cygne à cou noir ( Cygnus melanocorypha ).

La découverte la plus préoccupante jusqu'au début du mois de mai a eu lieu au lac Budi, en Araucanie, où 128 cygnes à cou noir morts ont été retrouvés . « Si d'autres décès surviennent, cela pourrait avoir des conséquences néfastes sur leur conservation », avertit Claudio Azat, directeur de l'Institut One Health de l'Université Andrés Bello.

Des cas de mortalité de cygnes ont également été enregistrés dans la zone humide de Río Cruces à Valdivia, et dans le sanctuaire naturel Carlos Anwandter, près de cette même ville, dans la région de Los Ríos.

Surveillance des oiseaux au Chili. Plus de 700 000 oiseaux domestiques et au moins 739 oiseaux sauvages appartenant à huit espèces ont péri des suites d’une variante agressive et contagieuse de la grippe aviaire. Photo : avec l'aimable autorisation du SAG

Le Service agricole et d'élevage (SAG) a déclaré une urgence sanitaire nationale en raison de la grippe aviaire et, au fur et à mesure que des cas sont détectés, déclare des zones sous contrôle sanitaire, selon Carlos Orellana, chef de la Division de la protection du bétail du SAG.

La situation est différente de l'épidémie qui a touché le Chili fin 2022 , explique Azat. C'était la première fois que le virus, connu depuis 1996, arrivait en Amérique du Sud.

D'après Yanina Poblete, directrice du Centre de modélisation et de perspectives « Une seule santé » de l'Université des Amériques, les oiseaux de rivage migrateurs effectuant de longs trajets depuis l'hémisphère Nord pourraient avoir joué un rôle dans l' introduction initiale du virus . Parmi ces oiseaux figurent le courlis corlieu ( Numenius phaeopus ) et des espèces de bécasseaux comme le bécasseau sanderling ( Calidris alba ) et le bécasseau maubèche (Calidris canutus ).

Le SAG prélève des échantillons d'oiseaux afin de prévenir toute nouvelle infection. Photo : avec l'aimable autorisation du SAG

On estime qu'entre 2022 et 2023, plus de 100 000 oiseaux et quelque 20 000 mammifères marins sont morts dans le pays. Cette fois-ci, la situation est différente : plusieurs espèces d'oiseaux sauvages pourraient être immunisées , et l'épidémie ne survient pas pendant un épisode El Niño, un facteur qui a engendré un stress accru chez les oiseaux marins en raison de la diminution des ressources alimentaires dans l'océan. Cependant, les modèles climatiques indiquent la possibilité d'un épisode El Niño intense en 2026 , un scénario qui représente un risque encore plus grand pour les oiseaux.

L’épidémie survient désormais dans un contexte de préparation accrue . Depuis 2023, le SAG tient à jour un tableau de bord en ligne sur la grippe aviaire, accessible au public. Les informations sont mises à jour quotidiennement et comprennent des données sur les régions, les espèces et le nombre d’oiseaux touchés. Les citoyens peuvent consulter ces informations en temps réel, prendre des précautions et signaler aux autorités tout décès d’oiseaux domestiques ou sauvages.

La souche et son comportement sont différents

Des membres du SAG effectuent des prélèvements sur le terrain. Photo : avec l'aimable autorisation du SAG

Alors que le Chili a connu une accalmie épidémique entre fin 2023 et début 2026, des foyers sont apparus chez les oiseaux sauvages au Brésil, en Argentine et en Uruguay, explique Pedro Jiménez, professeur à l'Université catholique du Chili et chercheur spécialiste de la grippe aviaire. « Le virus s'est propagé silencieusement parmi les oiseaux sauvages », précise-t-il. Un coscoroba blanc pourrait avoir introduit une nouvelle souche au Chili.

Il ne s'agit pas du même virus qui est apparu initialement en Amérique du Sud, car, comme la grippe saisonnière humaine, ce virus mute facilement, explique Azat. La souche actuellement en circulation est moins virulente que celle de 2023. Cependant, elle reste préoccupante, étant donné sa propagation rapide après sa première détection en mars.

Le SAG a séquencé le génome du virus et a constaté, à titre préliminaire, qu'il s'agit d'une souche différente de celles de 2022 et 2023. « Il s'agit d'un réassortiment de souches hautement pathogènes arrivées d'Asie et de souches faiblement pathogènes d'origine sud-américaine », explique Jiménez.

Un taurillon mésange ( Anairetes parulus ) avant sa remise en liberté. Photo : avec l'aimable autorisation de Carolina Chandia

Tuarillo mésange/cachudito Par Ayna cumplido — Travail personnel, CC BY-SA 4.0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=42182169

De plus, le schéma est différent . En 2022 et 2023, l'épidémie a eu lieu en décembre, en plein été, tandis que cette fois-ci, elle est apparue en automne. « Nous pensons qu'elle est liée à certains facteurs climatiques qui ont favorisé l'interaction entre les trois populations d'oiseaux : sauvages, domestiques et d'élevage », explique Orellana.

Lors de la précédente épidémie, le premier cas a été recensé à Arica, à la frontière avec le Pérou. Depuis le nord du Chili, le virus s'est propagé vers le sud. À présent, des cas ont été signalés entre Valparaíso et Aysén , avec une concentration de foyers plus importante dans le centre du pays et un seul cas chez des volailles domestiques à Magallanes, dans le sud, selon les informations du panel.

Une autre particularité est que lors de la première épidémie, le virus était principalement présent sur la côte, alors qu'il se propage maintenant principalement dans la vallée intérieure .

Impact accru sur les espèces d'eau douce

Un pépoaza oeil-de-feu ( Pyrope pyrope ) extrait d'un filet pour prélèvement d'échantillons. Photo : avec l'aimable autorisation de Carolina Chandía

Pépoaza oeil-de-feu Par dfaulder — originally posted to Flickr as Fire-eyed Diucon, CC BY 2.0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=9586123

Lors de cette épidémie, huit espèces sauvages sont touchées , dont les deux espèces de cygnes. Les six autres sont la buse aguia ( Geranoaetus melanoleucus ), l'ouette de Magellan ( Chloephaga picta ), l'oie cendrée , l'aigrette neigeuse ( Egretta thula ), l'ouette des Andes ( Oressochen melanopterus ) et le brassemer cendré ( Tachayeres pteneres ).

Alors que par le passé, les oiseaux des écosystèmes marins et côtiers enregistraient une mortalité plus élevée, comme les pélicans et les manchots de Humboldt, l'impact est aujourd'hui plus important sur les espèces d'eau douce , souligne Jiménez.

En fait, il explique que la première espèce testée positive était le coscoroba blanc , dans la zone humide du rio Yani, au centre du Chili. Ces cygnes se déplacent entre les côtes Pacifique et Atlantique, et c'est ainsi qu'ils ont pu introduire la nouvelle souche dans le pays.

Prélèvement d'échantillons sur un chardonneret élégant pour le diagnostic de la grippe aviaire. Photo : avec l'aimable autorisation de Carolina Chandia

Le cygne à cou noir, l'une des espèces les plus touchées par l'épidémie actuelle , est considéré comme en danger dans les régions de Biobío à Los Lagos, les mêmes régions où des spécimens de cette espèce ont été testés positifs au virus, selon le panel SAG.

C’est inquiétant car cela aggrave les menaces auxquelles l’espèce est déjà confrontée, comme la perte d’habitat et la pollution. Jiménez explique que les cygnes à cou noir ont un régime alimentaire limité à certaines algues et sont sensibles aux perturbations de leurs écosystèmes.

La collaboration intersectorielle est essentielle

Prélèvement d'échantillons pour diagnostic. Photo : avec l'aimable autorisation du SAG

Pour endiguer la maladie, le SAG met en œuvre des mécanismes de contrôle de la contagion et a récemment renforcé ses partenariats avec le monde universitaire afin de recueillir des informations et des données scientifiques. Il a également impliqué la CONAF car les gardes forestiers sont les premiers à donner l'alerte en cas de situation inhabituelle ou de mortalité d'oiseaux.

L'un des éléments clés pour endiguer la maladie est la collecte des oiseaux morts par le SAG , explique Orellana. Cette tâche exige un effort considérable de la part des équipes techniques et a même nécessité l'achat d'un bateau pneumatique Zodiac pour se déplacer sur les lacs.

Échantillonnage de poulets. Photo : avec l'aimable autorisation du SAG

Cela ne se produit pas dans d'autres pays, affirme-t-il, où les charognards sont autorisés à achever leur cycle naturel, mais cela représente un risque car ils pourraient continuer à propager le virus. « Notre directive technique est qu'il est important de rompre le cycle de transmission et de réduire la charge virale », explique-t-il.

La Division de l'élevage et la Division des ressources naturelles du SAG coordonnent le sauvetage des espèces et la biosécurité dans les centres de sauvetage. Le SAG traite également des échantillons de manchots et de mammifères marins pour le compte du Service national des pêches et de l'aquaculture (SERNAPESCA), un organisme qui ne dispose pas de son propre laboratoire pour ces analyses.

Les contributions du monde universitaire

Un tyranneau omnicolore ( Tachuris rubrigastra ) après prélèvement d'échantillons. Photo : avec l'aimable autorisation de Yanina Poblete

Tyranneau omnicolore Par GORE Callao — https://www.flickr.com/photos/198120327@N05/52905068321/, Domaine public, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=150941617

L'une des alliances les plus importantes est celle avec le monde universitaire, dans le but de générer des informations et des preuves scientifiques .

Poblete dirige un projet financé par le Fonds national chilien pour le développement scientifique et technologique, qui consiste en un suivi mensuel et systématique des oiseaux dans la réserve naturelle Carlos Anwandter . Des chercheurs du Laboratoire d'écologie des oiseaux de l'Université australe du Chili et du Laboratoire des maladies infectieuses de l'Université pontificale catholique du Chili y participent également.

L’objectif est de détecter les oiseaux infectés sans symptômes visibles avant que des décès ne surviennent, afin de contenir plus rapidement la propagation du virus, explique Yanina Poblete.

Fixation d'un émetteur géolocalisateur à un cygne à des fins de suivi. Photo :avec l'aimable autorisation de Yanina Poblete

« Nous souhaitons faire du cygne à cou noir une espèce sentinelle pour la surveillance des zoonoses telles que la grippe aviaire », explique la chercheuse. Cet oiseau est très sensible au virus et fréquente diverses zones humides du pays.

L'équipe surveille la grippe chez les cygnes, les goélands et les passereaux , aussi bien en bordure des zones humides qu'en forêt. Elle cherche notamment à confirmer l'hypothèse selon laquelle les oiseaux plus opportunistes vivant en bordure des roselières pourraient être des vecteurs asymptomatiques du virus. Ce projet fait suite à la constatation qu'en 2023, le Service agricole et d'élevage chilien (SAG) a diagnostiqué la grippe chez 240 passereaux de différentes espèces, sans surveillance systématique, et a constaté que 47 % d'entre eux étaient infectés par le virus.

La surveillance a débuté en novembre 2025, mais a été interrompue par un manque de coordination institutionnelle au début de l'épidémie. Elle a désormais repris grâce à une alliance intersectorielle regroupant le SAG, la CONAF, le Centre des zones humides de Río Cruces et des chercheurs. « Avec cette approche axée sur la recherche, et non pas seulement sur le confinement et la surveillance, je pense que nous sommes sur la bonne voie », conclut Poblete.

Image principale : Cygnes à cou noir dans une zone humide de la rivière Cruces. Photo : avec l'aimable autorisation du CEHUM

​​​​​​​Cygne à cou noir Par steve b — https://www.inaturalist.org/photos/455375152, CC0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=178704675

Coscoroba blanc Par Charles J. Sharp — Travail personnel, from Sharp Photography, sharpphotography.co.uk, CC BY-SA 4.0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=179069673

traduction caro d'un reportage de Mongabay latam du 12/05/2026

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