Découverte d'une nouvelle espèce de loutre en Amérique latine

Antonio José Paz Cardona

26 août 2024

• On a longtemps pensé que la loutre Lontra longicaudis vivait entre le nord du Mexique et le nord de l'Argentine. Cependant, une nouvelle étude génétique a confirmé que deux espèces vivent dans cette aire de répartition.
• Lontra longicaudis est présente dans les bassins de l'Amazonie, de l'Orénoque et du Paraná, tandis que la nouvelle espèce (Lontra annectens) vit au Mexique, en Amérique centrale et en Amérique du Sud, jusqu'à la cordillère des Andes en Colombie et en Équateur.
• L'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) doit maintenant valider la proposition faite dans l'étude. Toutes les recherches antérieures considéraient une seule espèce et faisaient principalement référence à des populations du Brésil.

Cinq faits clés

À mesure que la science et la technologie progressent, les biologistes découvrent davantage d’espèces de plantes et d’animaux. Beaucoup de ces nouvelles découvertes proviennent de l’analyse d’espèces cryptiques, c’est-à-dire celles qui sont très similaires en apparence extérieure mais qui sont génétiquement distinctes et constituent donc des espèces différentes.

Dans des groupes tels que les mammifères, et en particulier les carnivores, ces types de découvertes ne sont pas courants. Alors quand il y en a un, l’étonnement est décuplé. Et cela est arrivé maintenant qu'un groupe de chercheurs a démontré que les spécimens de loutre néotropicale ( Lontra longicaudis ) pouvaient en réalité être séparés en deux espèces complètement différenciées. La seconde est Lontra annectens.

Les données qui ont permis cette différenciation ont été révélées dans un article scientifique publié en mars 2024 dans le Journal of Mammalogy .

Auparavant, on considérait que la loutre Lontra longicaudis avait une large répartition qui allait du Mexique, en passant par tous les pays d'Amérique centrale et du Sud—à l'exception du Chili—, jusqu'à atteindre le nord-est de l'Argentine. Or, la nouvelle découverte montre que chacune de ces deux espèces a en réalité une répartition plus petite.

L'un des aspects morphologiques qui a donné des indices sur l'existence de plus d'une espèce de loutre dans cette aire de répartition est la variation de la forme de la plaquette nasale , mais pendant longtemps, les experts ont proposé trois sous-espèces de loutre néotropicale :  Lontra longicaudis annectens , présente au Mexique, en Amérique centrale et en Amérique du Sud à l'ouest des Andes ; Lontra longicaudis enudris , dans les bassins de l'Amazonie et de l'Orénoque, et Lontra longicaudis longicaudis , dans le bassin du Paraná et le reste de la répartition vers l'est et le sud de l'Amérique du Sud.

«Nous avons analysé les marqueurs nucléaires à l'échelle du génome de 29 individus de L. longicaudis dans toute l'aire de répartition de l'espèce pour évaluer la structure de sa population [...] Nos résultats soutiennent la reconnaissance des populations transandines de L. longicaudis en tant qu'espèce distincte de loutre, qui devrait être reconnue comme Lontra annectens», indique l'article scientifique.

Rose : répartition de la nouvelle espèce Lontra annectens. En vert : répartition de Lontra longicaudis enudris. En bleu : répartition de Lontra longicaudis longicaudis. Carte : un article sur les données pangénomiques soutient la reconnaissance d'une espèce supplémentaire de loutre de rivière néotropicale (Mammalia, Mustelidae, Lutrinae)

De sous-espèces en espèces

"Lorsque je faisais mon doctorat, j'ai remarqué qu'il y avait des changements entre les populations de loutres du Golfe du Mexique et celles du Pacifique, alors je me suis demandé : 'si cette loutre a une distribution si large, du nord du Mexique au nord de l'Argentine , là où il y a un grand nombre d'environnements, est-il probable que des processus de spéciation se soient produits ? », commente Pablo César Hernández, chercheur au Laboratoire de biodiversité et changement global (LABIOCG) de la Faculté d'études supérieures d'Iztacala de l'Université nationale autonome. du Mexique (UNAM) et co-auteur de l'article.

Le chercheur, qui est également membre du groupe de spécialistes des loutres de l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN), qualifie la spéciation de processus évolutif par lequel une population d'organismes se divise en deux ou plusieurs espèces différentes qui ne se reproduisent plus entre elles, donnant naissance à de nouvelles espèces.

Hernández s'est également demandé si, en plus de la forme du nez, il existait d'autres caractéristiques qui permettraient de séparer cette loutre en deux ou plusieurs espèces.

Les réponses ont été obtenues grâce à des études génétiques. "Nos analyses de données nucléaires au niveau du génome ont systématiquement soutenu une forte séparation génétique entre les loutres de rivière trans-andines néotropicales (du Mexique à l'ouest des Andes colombiennes et équatoriennes) et les loutres de rivière cisandines (de l'est des Andes colombiennes et équatoriennes au reste de l'Amérique du sud) traditionnellement attribuée à L. longicaudis », indique l'étude.

Loutre néotropicale (Lontra annectens). Image prise au Costa Rica. Photo : Victor – Flickr.

Vera de Ferran, chercheuse brésilienne au Laboratoire de biologie génomique et moléculaire de la Pontificia Universidad Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS) et au Département des sciences biologiques de l'Université du Wisconsin, et auteur principal de l'article, commente que l'un des plus grand défi de ce type de travail est la nécessité de disposer d'un ensemble de données couvrant des échantillons de la majeure partie de la répartition de l'espèce, y compris des échantillons de toutes les populations que l'on souhaite étudier. « Cela peut être particulièrement difficile pour une espèce dont l’aire de répartition est très large, comme la loutre de rivière néotropicale. Ce type de données est important pour déterminer si les différences entre les populations que nous observons sont réelles ou si elles ne sont qu'un produit de la distance entre les populations."

Pour l'experte, une mauvaise attribution des espèces peut conduire les chercheurs à des conclusions erronées sur le sujet étudié. Cela s’applique également aux actions de conservation, qui se concentrent principalement au niveau de l’espèce plutôt qu’au niveau des sous-espèces. Par conséquent, dit-elle, si une sous-espèce est menacée, mais que l’espèce dans son ensemble se porte bien, la sous-espèce risque de ne pas recevoir l’attention dont elle a besoin. « Ainsi, étant donné la manière dont les plans et les actions de conservation sont actuellement menés, l’identification d’une espèce est très importante pour diriger l’attention et les efforts vers sa protection. »

Hernández considère que la désignation de Lontra annectens comme espèce différente de Lontra Longicaudis est importante pour prendre des décisions concernant la conservation des deux loutres. Par exemple, elle mentionne que l’un des critères de l’UICN pour décider si une espèce est menacée est l’aire de répartition, et cette loutre néotropicale avait auparavant une très large aire de répartition, « donc certains pourraient aller jusqu’à dire que ce n'est pas si inquiétant si elle disparaît au Mexique, car les populations d'Amérique centrale et d'Amérique du Sud sont toujours là. Mais maintenant que nous avons séparé les espèces, ces répartitions ont été considérablement réduites pour les deux loutres.

La biologiste mexicaine considère également que l'identification de la nouvelle espèce est importante pour générer une plus grande connaissance, puisque la plus grande proportion d'études a eu lieu au Brésil, où la nouvelle espèce décrite ne vit pas, " donc maintenant nous devons faire plus d'études dans d'autres endroits , parce que nous avons de plus grandes lacunes en matière d’information à combler. »

Loutre néotropicale (Lontra longicaudis enudris). Image prise dans le Mato Grosso, Brésil. Photo : Carlos Sánchez – iNaturalist.

Combler les lacunes d’information

Les loutres sont des animaux semi-aquatiques qui se nourrissent principalement de poissons et de crustacés et ont besoin d'un habitat aquatique et terrestre. L'eau est importante car c'est là que se trouve leur principale source de nourriture, tandis que sur terre, elles établissent leurs zones de refuge et de reproduction.

Hernández mentionne qu'à ce jour, 14 espèces sont connues, dont seulement deux sont entièrement marines. En outre, cela indique que la loutre est un prédateur majeur dans les systèmes d'eau douce, où elle partage ce titre presque exclusivement avec les alligators et les crocodiles, bien que les loutres s'en nourrissent lorsque ces reptiles sont à l'état juvénile.

"Grâce à l'étude des loutres, nous pouvons indirectement bio-surveiller la qualité de l'habitat où elles vivent et, de cette manière, nous pouvons savoir ce qui se passe dans l'environnement et prendre des mesures de conservation", explique l'experte.

Vera de Ferrán mentionne que, même si les loutres sont très populaires parmi la population en général, contrairement à ce à quoi on pourrait s'attendre, il existe encore de nombreuses « lacunes » dans les connaissances que nous avons à leur sujet.

Loutre néotropicale en Guyane. (Lontra longicaudis enudris). Photo : Simon Speich – Wikimedia Commons.

« De nombreuses questions demeurent et doivent être abordées dans les études futures. Les questions sur leur aire de répartition, leur diversité génétique, la connectivité entre les populations et les adaptations locales sont extrêmement importantes, et répondre à ces questions nous aidera à mieux comprendre ces espèces afin de pouvoir les conserver », commente-t-elle.

Concernant la nouvelle loutre Lontra annectens, de Ferran estime qu'il est essentiel de mieux définir son aire de répartition et ses limites afin de déterminer si sa répartition chevauche celle d'autres espèces de loutres ; estimer depuis combien de temps la séparation entre cette espèce et les autres espèces sud-américaines s'est produite ; réaliser des études au niveau de la population pour mieux comprendre son état de conservation et, compte tenu de la similitude entre cette espèce et la loutre de rivière néotropicale ( Lontra longicaudis ), réaliser une étude plus approfondie sur la différence entre ces espèces.

Loutres néotropicales (Lontra longicaudis) observées au Mexique. Elles appartiennent désormais à l'espèce (Lontra annectens). Photo : César Lezama – iNaturalist.

Marcelo Rheingantz est biologiste à l'Institut de biologie de l'Université fédérale de Rio de Janeiro, directeur exécutif de l'ONG Refauna et membre des groupes de spécialistes de la conservation, de la translocation et des loutres de l'UICN. Pour lui, il est fort probable que l’UICN reconnaisse la nouvelle espèce. « Dans les prochains mois, nous devrons faire cette validation. Si nous voulons séparer la loutre en deux espèces, nous devrons faire deux évaluations de statut, l'une et l'autre, car tout ce qui a été évalué jusqu'à présent a été considéré pour une seule espèce."

Rheingantz, qui a consacré sa carrière de chercheur à l'écologie et à la conservation des populations de vertébrés au Brésil et en Amérique du Sud, estime également qu'il est nécessaire d'étudier les deux autres sous-espèces restantes de la loutre Lontra Longicaudis ( Lontra longicaudis enudris et Lontra longicaudis longicaudis ). pour savoir si elles sont toujours considérées comme des sous-espèces ou si elles sont également des espèces différentes. Il pense également que l’une des questions les plus importantes actuellement est de comprendre les effets des activités humaines sur les populations de loutres, « dans quelle mesure cela affecte leur santé et également comment cela affecte la façon dont elles utilisent l’environnement ».

*Image principale : Loutre néotropicale (Lontra longicaudis longicaudis) capturée dans le Pantanal, Brésil. Photo : John Tomsett – Flickr.

traduction caro d'un reportage de Mongabay latam du 26/08/2024

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