Coronavirus : Ce que l'on sait déjà sur le variant brésilien P.1

Par Leanderson Lima
Publié : 25/02/2021 à 18:02

Manaus (AMazonas) - Samedi 2 janvier 2021. Une famille japonaise débarque à l'aéroport international de Tokyo, l'un des plus fréquentés au monde, mettant fin à un voyage de plus de 20 heures. Un homme d'une quarantaine d'années, sa femme de dix ans plus jeune et un couple d'adolescents revenaient d'un voyage touristique à Manaus, dans l'État d'Amazonas. Les symptômes n'ont pas tardé à apparaître. L'homme avait des difficultés à respirer, tandis que la compagne avait de forts maux de tête et que sa gorge était enflammée. L'adolescent présentait de la fièvre et la sœur était asymptomatique. Les voyageurs ont été mis en quarantaine pendant que les autorités médicales japonaises enquêtaient sur l'affaire. Il a fallu huit jours aux chercheurs pour révéler au monde la découverte d'un autre variant du coronavirus.

La nouvelle a fait le tour du monde et a atteint le Brésil, où les autorités ignoraient l'existence de cette nouvelle mutation du coronavirus, bientôt surnommée "variant de Manaus" ou "souche amazonienne". Cette inquiétude était fondée. Au Royaume-Uni, le variant identifié comme P.1.1.7 s'est révélé plus transmissible et a incité le Premier ministre britannique Boris Johnson à déclarer un verrouillage impopulaire pendant la période des fêtes. En Afrique du Sud, un variant appelé B.1.351 a également été révélé au cours de la vaccination mondiale. La principale crainte était de savoir si les vaccins  seraient efficaces contre les variants. À ce jour, il n'y a pas de réponse précise.

Après l'alerte japonaise, des chercheurs du Fiocruz Amazonas ont croisé les données de séquençage du coronavirus détecté chez les touristes qui se trouvaient à Manaus avec des échantillons séquencés parmi les patients brésiliens recueillis à partir de novembre de l'année dernière, qui venait de se terminer. Il n'y avait toujours aucun signe de la présence du variant, peut-être en raison du petit nombre d'échantillons séquencés. Le 12 janvier, le Fiocruz a publié une note technique confirmant l'identification de l'origine de la nouveau variant de la souche B.1.1.28 de Sars-CoV-2 en Amazonie.

Selon la note, les recherches ont également souligné que la mutation détectée dans le variant B.1.1.28 était un phénomène récent. Parmi les analyses séquencées en décembre 2020, le nouveau variant était déjà présent dans 51 % des échantillons. Le pourcentage élevé d'une mutation virale qui venait d'apparaître a permis de créer l'hypothèse qu'elle circulait déjà auparavant, bien que les autorités brésiliennes n'en aient pas du tout conscience. En janvier, les 51 % de cas détectés dans les échantillons sont passés à 91 %.

"A partir du moment où le variant apparaît, qu'avons-nous vu ? Une très forte augmentation de sa fréquence parmi les cas qui ont été séquencés. Bien sûr, les séquences ne reflètent pas tous (les cas), car nous ne pouvons le faire que pour une partie de la population", explique le virologue et chercheur de l'Institut Leonidas & Maria Deane (ILMD/Fiocruz Amazon), Felipe Naveca.

Un variant brésilien alerte le monde

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a classé le variant brésilien comme l'un des trois plus importants circulant sur la planète, avec le Royaume-Uni et l'Afrique du Sud. Ces mutations sont plus préoccupantes car elles rendent le virus plus fort ou plus transmissible. 

Mais, en particulier, celle qui est apparue au Brésil a montré une capacité de transmission encore plus grande. Contrairement à la presse, aux autorités et à la population elle-même, l'OMS a pris soin de baptiser le variant brésilien avec le code P.1.

"Il n'y a pas de preuve irréfutable que ce variant est apparu en Amazonas ou à Manaus. Nous avons des indications qu'il commence probablement à circuler à Manaus fin novembre 2020, probablement sous l'influence des troubles démographiques que nous avons connus le 15 novembre, avec le premier tour des élections municipales", souligne l'épidémiologiste du Fiocruz Amazonien, Jesem Orellana. Le deuxième tour des élections municipales a eu lieu le 29 novembre. Ce jour-là, plus d'un million de personnes sont descendues dans les rues de la capitale de l'Amazonas.

Le P.1 ayant été identifié en premier au Japon, aurait-il été possible de prendre des mesures pour contenir la propagation du nouveau variant ?

Pour Felipe Naveca, qui garantit que "le P.1 n'est détecté qu'en janvier", même l'Angleterre - qui possède le plus grand système de surveillance génomique au monde - n'aurait pas pu le faire. "Il est presque impossible de contenir à 100%. L'Angleterre tourne des centaines de fois plus que le Brésil. Même dans ce système, lorsqu'ils ont détecté leur variant, celui-ci (le P.1.1.7) était déjà présent dans tout le pays", dit-il. Cela est dû en grande partie au fait que certaines personnes qui finissent par être exposées au virus ne développent souvent pas les symptômes de la maladie.

Une telle explication ne fait que confirmer le fait qu'à Manaus et au Brésil, le séquençage génétique des échantillons se fait de manière résiduelle et avec peu de ressources, la cause du P.1. n'a été découverte que dans un pays situé à 18 531 kilomètres de là, le Japon. "Nous sommes de plus en plus convaincus que ce nouveau variant est plus infectieux que les 17 autres répertoriés jusqu'à présent dans l'État d'Amazonas", déclare Orellana.

C'est maintenant le virus qui est à blâmer

L'existence du P.1 est tombée comme un gant pour les gouvernements fédéral, amazonien et de Manaus. En janvier, l'État a connu une crise sans précédent, les patients mourant par asphyxie en raison du manque d'oxygène, nécessaire aux cas graves de Covid-19. Bien qu'alerté du problème, le ministère de la santé ne s'est mobilisé qu'après que le chaos et les décès accélérés aient déjà pris le contrôle des hôpitaux de Manaus. Mais le ministre Eduardo Pazuello n'a pas tardé à émettre l'hypothèse que le variant était le principal responsable de la deuxième vague et de l'effondrement des hôpitaux qu'il connaissait, mais qu'il n'a pas empêché.

Pour Felipe Naveca, la contribution du variant est évidente, mais il est encore impossible de mesurer l'ampleur de son influence. Le Fiocruz, le ministère de la santé et l'Organisation panaméricaine de la santé (OPS) tentent maintenant de rassembler les pièces de cet immense puzzle, ce qui n'est pas facile à faire, étant donné la précarité des conditions de vie au Brésil. "Ce n'est pas si banal. Il existe plusieurs systèmes d'information qui ne se parlent malheureusement pas. C'est quelque chose qui entrave la surveillance dans son ensemble. Nous devons faire un travail manuel en allant dans les hôpitaux, en allant dans les familles et en recueillant des données sur l'état clinique de chaque patient", révèle Naveca.

Les chercheurs interrogés par Amazônia Real rappellent qu'avec ou sans P.1, les mesures de distanciation sociale auraient réduit de manière significative les impacts de la deuxième vague en Amazonie.

L'escalade de la maladie
 

Le premier cas de ce nouveau coronavirus a été détecté en Amazonas le 13 mars 2020. Une femme de 39 ans a contracté le virus au cours d'un voyage touristique à Londres, la capitale de l'Angleterre. Le premier décès de Covid-19 dans l'État a été enregistré le 24 mars de l'année dernière. Le pic de la première vague de la pandémie a été atteint en mai, lorsque l'État a enregistré 36 123 cas de la maladie (soit une moyenne de 1 000 par jour) et 1 627 décès dus à la maladie (soit une moyenne de 54 par jour).

À partir de juin, la courbe des cas et des décès a commencé à s'infléchir. Le mois de novembre est marqué par une diminution des chiffres, avec 351 décès. En décembre, les chiffres ont encore augmenté avec 391 décès. "A partir de ce moment, on a une propagation virale qui augmente progressivement tout au long du mois de décembre, de sorte qu'en janvier 2021, (le P.1) devient prédominant et influence certainement la configuration de ce scénario catastrophe", explique Jesem Orellana.

Janvier 2021 a été le pire mois de toute la pandémie dans l'État d'Amazonas, avec 2 832 décès (soit une moyenne de 94 par jour). Et l'escalade de la deuxième vague ne s'arrête pas. L'Amazonas a compté 5 285 morts par Covid-19 en 2020. Ce n'est qu'au cours des mois de janvier et février 2021 qu'il y a eu 5.288 décès jusqu'à mardi (23).

Le Secrétariat de la surveillance de la santé, le ministère de la Santé, a publié, également mardi, une cartographie des nouveaux variants sur le territoire national. Sur la base des informations transmises par les secrétariats d'État, 204 cas de nouvelles souches du virus SRAS-CoV-2 ont été enregistrés au Brésil jusqu'au 20 février.

Le variant P.1 est prédominant. Il y a 184 cas, répartis en 60 en Amazonas, 28 à Sao Paulo, 15 à Goias, 12 à Paraíba, 11 à Pará, 11 à Bahia, 9 à Rio Grande do Sul, 7 dans le Roraima, 6 à Minas Gerais, 5 dans le Pará, 5 à Sergipe, 4 à Rio de Janeiro, 4 à Santa Catarina, 3 à Ceará, 2 à Alagoas, 1 à Pernambuco et 1 à Piauí. Jusqu'à présent, un total de 20 cas du variante du Royaume-Uni ont été identifiés, 11 cas à São Paulo, 6 à Bahia, 2 à Goiás et 1 à Rio de Janeiro. Le variant originaire d'Afrique du Sud n'a pas encore été localisé dans le pays.

Les gouvernements et les municipalités brésiliens, armés de statistiques faisant état d'une augmentation substantielle des admissions dans les USI, ont décidé de renforcer les mesures de restriction. L'État de São Paulo adopte, à partir du vendredi (26), un couvre-feu de 23 heures à 5 heures du matin. Dans le Rio Grande do Sul, des décrets prolongent la suspension des activités entre 20 heures et 5 heures du matin. Il y a des couvre-feux ou des restrictions plus strictes à Fortaleza et Paraíba. Au Salvador, les plages ont été fermées aux baigneurs. Dans tous les cas, le variant P.1 est à l'origine de la prise de décision.

Le 8 février, les défenseurs publics de l'union et de l'État d'Amazonas ont intenté un procès pour exiger du gouvernement fédéral qu'il achète suffisamment de doses du vaccin Covid-19 pour immuniser 70 % de la population de Manaus et de sept autres municipalités amazoniennes. 

Pazuello promet une immunisation de masse

Le 13 février, lors d'une visite à Manaus, le général Eduardo Pazuello a garanti que le gouvernement fédéral enverrait suffisamment de vaccins pour accélérer le Plan national d'immunisation. L'idée à l'époque, selon le ministre de la santé, était d'atteindre la population à partir de 50 ans.  Pazuello a même donné une date pour la livraison du nouveau lot de vaccins : le 22 février. La population attend toujours la vaccination de masse.

Le week-end dernier, la préfecture de Manaus a publié une déclaration annonçant que "l'immunisation de nouveaux groupes de population est conditionnée à la réception de vaccins et la municipalité n'a reçu du ministère de la Santé, jusqu'à présent, aucun envoi de doses destinées à ce groupe d'âge".

Même si les deux premiers mois de l'année sont les plus durs de la pandémie et qu'il est prouvé que le variant P.1 est prédominant, le gouvernement d'Amazonas a autorisé la réouverture du commerce. L'annonce du décret du gouverneur Wilson Lima (PSC), faite lundi (22), Elle se produit malgré le manque de vaccins.

Pour le doctorant du programme de biologie de l'Institut national de recherche sur l'Amazonas (INPA), Lucas Ferrante, la réouverture des activités en Amazonas peut coûter cher. "Il n'y a que deux choses pour freiner une troisième vague, qui doivent être appliquées de façon concomitante. La première est un verrouillage massif de Manaus, qui devrait couvrir 90% de la population, maintenant la ville isolée pendant 20 à 30 jours. Et il faut une campagne de vaccination pour tous les adultes, qui devrait concerner 70% de la population", souligne-t-il.

Selon Ferrante, la prochaine vague de Covid-19 devrait s'intensifier dans les quatre prochains mois. "Si rien n'est fait, à partir de mai, Manaus vivra quotidiennement avec une multitude d'au moins 50 000 personnes infectées au milieu de sa population", affirme le chercheur.  

Ce scénario prévoit une troisième vague de la pandémie et fera de Manaus l'épicentre mondial de Covid-19. Dans le monde entier, où une vaccination plus accélérée est pratiquée, les courbes de contamination et de mortalité sont en baisse depuis plus de six semaines. "Avec cette circulation virale accrue, de nouvelles mutations pourraient provoquer l'apparition d'un nouveau variant résistant au vaccin et compromettre tous les efforts mondiaux de lutte contre le Covid-19", atteste Ferrante.

Le chercheur a envoyé, en août dernier, une note technique au ministère public et à certains députés, les avertissant du risque d'une deuxième vague. Le document a également été présenté à la Fondation de surveillance de la santé d'Amazonas (FVS-AM). Comme c'est le cas aujourd'hui, il n'y avait pas à l'époque de verrouillage, mais un assouplissement des mesures d'isolement social.

Jesem Orellana a une position plus conservatrice sur le risque d'une pandémie prolongée, mais ne l'écarte pas non plus. "Il est trop tôt pour parler d'une troisième vague, car nous sommes encore dans la deuxième vague. Nous ne sommes même pas entrés dans une phase de stabilisation à de faibles niveaux d'incidence de Covid-19", dit-il. Pour le scientifique, il faut au moins 40 jours supplémentaires pour faire une projection plus précise sur les risques d'une troisième vague qui, selon Orellana, peut se produire même pendant la période de vaccination.

En Amazonas, 312.339 cas de ce nouveau coronavirus ont été enregistrés en près d'un an de pandémie et 10.728 décès, selon les statistiques publiées le jeudi 25 février par la Fondation pour la surveillance de la santé (FVS).

traduction carolita d'un article paru sur Amazônia real le 25/02/2021

O que já se sabe sobre a variante P.1 - Amazônia Real

Como a mutação identificada primeiramente em pessoas que passaram por Manaus virou desculpa para a falta de ação de governantes (Imagem da variante P1 do SARS-CoV-2 em arte sobre foto de Fernan...

https://amazoniareal.com.br/a-variante-p1/